בשנת 2004 על רקע העלייה במספר האסירים ומצוקת מקומות הכליאה, נפתח בית הסוהר "גבעון".
בית הסוהר גבעון שינה את ייעודו במהלך השנים לפי צורכי שב"ס, בשנת 2009 אוכלס המתקן באסירים זרים המיועדים לגירוש.
כיום, מאכלס המתקן אוכלוסיות מגוונות בהם זרים וזרות, עצורים ואסירים פליליים עם יתרת מאסר של עד 5 שנים.
בסוף 2018 נפתח בבית הסוהר "בית מעבר" – מסגרת שיקום הוליסטית ראשונה וייחודית מסוגה בשב"ס. המסגרת, יצרה גשר עבור האסירים בין החיים שלפני המאסר לבין החיים שלאחר השחרור ואפשרה את הקשר הרציף עם הקהילה במהלך המאסר.
כיום אגף זה שינה את ייעודו והוא מוגדר "נקי מסמים" לאסירים המרצים את מאסרם הראשון.
