בתאריך 31.7.1958 פרץ המרד הידוע בכינויו "מרד האסירים הגדול בכלא שטה".
במהלך המרד, נהרגו 11 אסירים ו-2 סוהרים. כתוצאה מהמהומות, 66 אסירים ברחו מכותלי הכלא. ע"פ הועדה שהוקמה במטרה לחקור את האירועים הללו, נקבע כי אדישות מצד הנהלת הכלא בנוגע לסדרי בטחון היא שגרמה לפרוץ המרד בכלא שטה בסוף שנות ה-50.
כתוצאה מהמרד, התפטר הנציב צבי חרמון ומונה במקומו הנציב אריה ניר (קצין משטרה בכיר לשעבר). ניר, החליט להדגיש את נושא הביטחון על חשבון נושאים מהותיים בכלא כגון שיקום האסירים והטיפול בהם. בנוסף, אריה ניר, השקיע תקציבים משמעותיים בבניית חומות, מגדלי שמירה ובקרה ודאג להכשיר אנשי בטחון מקצועיים ע"מ למלא תפקידים בשב"ס.
